Το Συμβούλιο Μελέτης Παρεκκλίσεων καθιδρύθηκε με την Απόφαση του Υπουργικού Συμβουλίου αρ. 51.373 στις 8.3.2000, με σκοπό να υποβάλλει εισηγήσεις στο Υπουργικό Συμβούλιο, μέσω του Υπουργού Εσωτερικών, αναφορικά με την άσκηση των αρμοδιοτήτων του που προκύπτουν από το εδάφιο 2 του άρθρου 26 του περί Πολεοδομίας και Χωροταξίας Νόμου, σύμφωνα με το οποίο παρέχεται η εξουσία στο Υπουργικό Συμβούλιο να αποφασίζει για χορήγηση πολεοδομικής άδειας κατά παρέκκλιση των προνοιών των Σχεδίων Ανάπτυξης.
Από το 1990, οπότε είχε τεθεί σε πλήρη εφαρμογή ο περί Πολεοδομίας και Χωροταξίας Νόμος, μέχρι το 1998 αρμόδια Υπουργική Επιτροπή ασκούσε την προβλεπόμενη από το άρθρο 26 του αναφερόμενου Νόμου εξουσία για μελέτη και λήψη απόφασης σε σχέση με αιτήσεις για εξασφάλιση πολεοδομικής άδειας κατά παρέκκλιση των προνοιών των δημοσιευμένων Σχεδίων Ανάπτυξης.
Η εν λόγω εξουσία ανεστάλη από τη Βουλή των Αντιπροσώπων στις 17.7.1998 με το Νόμο 72(Ι)/98, ο οποίος κατέστησε υποχρεωτική τη ψήφιση Κανονισμών, με βάση τους οποίους θα εξετάζονταν οι αιτήσεις για τη χορήγηση άδειας κατά παρέκκλιση. Μετά από εντατικές διαβουλεύσεις με τις Ενώσεις Δήμων και Κοινοτήτων και το Επιστημονικό Τεχνικό Επιμελητήριο Κύπρου, η Βουλή ενέκρινε τους περί Πολεοδομίας και Χωροταξίας (Παρεκκλίσεις) Κανονισμούς (Κ.Δ.Π 309/99), με βάση τους οποίους διαμορφώθηκε ένα σύγχρονο και αποτελεσματικό πλαίσιο εξέτασης αιτήσεων για χορήγηση πολεοδομικής άδειας κατά παρέκκλιση των προνοιών των Σχεδίων Ανάπτυξης. Οι Κανονισμοί προβλέπουν για την καθίδρυση ενός ανεξάρτητου οργάνου, του Συμβουλίου Μελέτης Παρεκκλίσεων, για τον τρόπο χειρισμού των αιτήσεων, τη διαδικασία που θα ακολουθείται, την τεκμηρίωση των αποφάσεων και τη δημοσιοποίηση τους στο κοινό.